Der Gotthard-Basistunnel, ist 57 Kilometer lang und führt bis 2.300 Meter tief unter dem Bergmassiv durch. Auch die Schweizer Tochter der Bauer Spezialtiefbau sowie die Bauer Umwelt waren am Bau des längsten und tiefsten Eisenbahntunnels der Welt beteiligt.

Bereits im Jahr 1999 liefen die Bauarbeiten für das Jahrhundertbauwerk an. Von fünf verschiedenen Angriffspunkten wurde der Tunnel gleichzeitig aufgefahren. Der nördlichste Angriffspunkt befand sich in Erstfeld, von diesem Punkt aus wurde der Tunnel in südliche Richtung vorgetrieben. Die Bauer Spezialtiefbau Schweiz  führte hier 2005 die Spezialtiefbauarbeiten aus. Die wesentlichen Leistungen bestanden aus Bohrpfählen mit Durchmessern von 1.200 und 1.500 Millimetern, die in schwierigen Baugrundverhältnissen, das heißt in blockigem Bergsturzmaterial, bis zu 33,5 Meter abgeteuft wurden. Dabei kam ein Bauer BG 40 Drehbohrgerät zum Einsatz. In die Pfahlwand baute die Bauer Spezialtiefbau Schweiz bis zu 70 Meter lange permanente Anker ein. Hierfür wurden Bohrungen durch das blockige Lockergestein bis in den gewachsenen Fels abgeteuft. Die Baugrube diente im ersten Schritt als Startgrube für die Tunnelbohrmaschine. Nach Abschluss der Vortriebsarbeiten wurde der Tunnel in diesem Bereich in offener Bauweise hergestellt, anschließend verfüllte man die Baugrube wieder.

Von Januar 2011 bis August 2013 stellte die Bauer Spezialtiefbau Schweiz zudem Gründungspfähle für ein 1.060 Meter langes Viadukt zwischen Lugano und Bellinzona her. Für die statischen Grundlagen der Bemessung wurden im Vorfeld Probepfähle hergestellt und statische Pfahlprobebelastungen durchgeführt. Insgesamt wurden 313 Ortbetonpfähle mit einem Durchmesser von 1.200 Millimetern und Längen bis 29 Meter gebohrt und betoniert.

Auch die Bauer Umwelt war beim Tunnelbau involviert. Sie wurde – zum Teil in einer Arbeitsgemeinschaft – mit der Errichtung und dem Betrieb zweier Wasserreinigungsanlagen beauftragt.